Les competències i funcionalitats dels òrgans de govern del Consorci es troben definides en el Capítol III. Règim orgànic dels seus Estatuts
La Junta General, formada per un representant de cadascun dels ens consorciats, és l’òrgan suprem de deliberació i de decisió del Consorci. Els seus membres són els encarregats d’escollir per majoria absoluta un president d’entre els alcaldes membres i fins a tres vicepresidents d’entre la resta de representants.
Formada per un representant de cada ens consorciat amb un vot proporcional al nombre d’habitants representats.
Conformada per un representant de cada subconca del Besòs (Mogent, Congost, Tenes, Riera de Caldes, Ripoll i Besòs), un representant de la conca de la Tordera, més el president i els tres vicepresidents.
Triada per la Junta General d’entre els seus membres alcaldes.
Nomenada per la Junta General.